Die St.-Jürgen-Kirche wurde 1904 bis 1907 als neugotischer Backsteinbau nach der Planung des preußischen Oberbaurates Oskar Hoßfeld unter der Bauleitung des in Flensburg ansässigen Architekten Alexander Wilhelm Prale errichtet. An dieser Stelle hatte im Mittelalter ein Hospital für Lepra- und Pestkranke gestanden. Der Name St. Jürgen ist von diesem Hospital abgeleitet, ebenso die Stadtteilbezeichnung Jürgensby.
Eine Besonderheit dieser Kirche ist die Stellung des Turmes im Osten und des Chores im Westen. Die Kirche bildet zur im Tal an der Förde gelegenen Stadt mit den beiden, den Chor flankierenden Rundtürmen und dem schlanken Hauptturm eine einprägsame Silhouette, die das Bild des östlichen Fördehanges bestimmt.
Im Innern überspannt ein spätgotisches Netzgewölbe den Saalbau. Die Ausstattung wird geprägt durch das Neurenaissance-Interieur, das auf den Flensburger Bildhauer und Begründer des Kunstgewerbemuseums Heinrich Sauermann zurückgeht: u.a. die dreiseitig umlaufende Empore, der Altar mit dem Hans Peter Feddersen-Bild von der "Heimkehr des verlorenen Sohnes" sowie die Taufe. Die Renaissance-Kanzel des Flensburger Bildhauers Heinrich Ringeringk von 1602 wurde aus der Heiliggeistkirche übernommen. Dort feierte die Kirchengemeinde seit 1895 und bis zur Erbauung dieser Kirche ihre Gottesdienste.
Die modernen Fenster stammen von Ernst Günter Hansing aus dem Jahre 1959. Sie ersetzen die ursprünglichen Fenster, die größtenteils im Juni 1945 durch eine Munitionsexplosion im Hafengebiet bei Kielseng zerstört wurden.
In der Kirche hängen zwei 1904 und 1913 gestiftete Schiffsmodelle. Die Tradition, der Kirche ein Schiff zu spenden, ist eng mit dem Leben an der Küste und dem Meer verbunden.
In den Jahren 2014/15 musste das durch Risse geschädigte Gewölbe der Kirche aufwändig saniert werden. Dabei wurden die Außenwände mit Niro-Stahlstangen verspannt. Ein großer Teil der Kosten wurde durch den „Förderverein zur Erhaltung der St.-Jürgen-Kirche Flensburg e.V“. aufgebracht.